E2020 - Xtract - Stage - Web Interface Allen Brain

Projet de stage : Interface X-Tract

  • Stagiaire : Philippe Lemieux
  • Projet : Développement d’outils informatiques de recherche pour l’étude des croisements de fibres de matières dans des cerveaux de souris ex vivo.
  • Durée : 16 semaines (Été 2020)
  • Financement : Bourse d’initiation à la recherche (Fonds “Projet pilote” du RBIQ)

Résumé du projet

L’atlas de connectivité pour les cerveaux de souris du Allen Institute offre autour de 3 000 expériences où un cerveau de souris a été injecté avec un virus fluorescent qui peut être suivi à travers les neurones de la souris avec un microscope sériel 2-photons. En utilisant le kit de développement (SDK) du Allen Institute, nous avons créé une interface web pour étudier la topologie des croisements de fibres. Cette application laisse les utilisateurs parcourir et télécharger des données sur des expériences provenant du projet sur la connectivité des souris. Notre interface rend les données du AllenSDK plus accessibles pour les non-programmeurs et facilite  notre recherche pour les croisements de fibres dans le cerveau. En exploitant le parcours des projections neuronales dans le cerveau vers le site d’injection du virus, on peut identifier les régions potentielles où on pourrait observer des croisements de fibres. Par exemple, on peut utiliser l’interface pour identifier le lieu de croisement de deux expériences où l’une a une injection dans l’hémisphère gauche et l’autre dans l’hémisphère droit.  Pour ce faire, nous utilisons la densité du signal dans la structure cible du cerveau (définie par le ratio du nombre de pixels fluorescents sur volume en pixel de la structure cible). Si la densité pour même structure corticale est haute pour deux expériences, il y a de grandes chances de pouvoir observer des croisements de fibres en superposant les deux injections. Identifier ainsi ces régions d’intérêt (ROI) est plus efficace que d’effectuer une approche expérimentale de type essai-erreur. Le nombre d’expériences nécessaires pour nos recherches est ainsi réduit. 

Références