Tranche de cerveau de souris acquise par histologie sérielle OCT 10X

Appel à candidatures pour le projet X-Tract

Projet: X-TRACT – Imagerie multimodale de la géométrie des croisements de fibres de matière blanche dans le cerveau: vers la prochaine génération d’algorithmes de tractographie.

L’IRM de diffusion (IRMd) est un puissant outil de neuroimagerie non invasive pour étudier l’architecture des fibres de la matière blanche (WM). Combinée avec des algorithmes de tractographie, une carte de connectivité structurelle du cerveau peut être obtenue. L’objectif global de ce projet est de combiner les images cérébrales prises avec l’IRMd à des mesures histologiques en série du même tissu pour étudier la géométrie de croisement des fibres WM et son impact sur les algorithmes de suivi des fibres. Nous avons déjà construit un tel système de microscopie automatisé, permettant l’acquisition de cerveaux de rongeurs entiers à une résolution micrométrique en moins d’une journée. En utilisant les données combinées d’IRM et d’optique, nous développerons de nouveaux algorithmes de suivi de fibre plus fiables dans les zones de croisement de fibre. Le résultat attendu est une cartographie sans précédent à travers le cerveau entre le signal dMRI et la micro / mésostructure de myéline sous-jacente dans le cerveau humain obtenue à partir de l’OCT.

Nous sommes à la recherche de 3 étudiant.e.s au doctorat dans le cadre de ce projet.

1 étudiant.e avec expertise en imagerie de microscopie optique et analyse. L’étudiant.e ajoutera un module sensible à la polarisation à un microscope OCT sériel existant. Il / Elle contribuera au développement de la reconstruction et de l’analyse des données microscopiques. L’étudiant.e sera également responsable d’effectuer la préparation et l’acquisition des tissus par histologie sérielle. Localisé à Polytechnique Montréal (F. Lesage) ou à UQÀM (J. Lefebvre) selon la préférence de l’étudiant.e.

1 étudiant.e expert en traitement d’image, vision par ordinateur et apprentissage automatique. La principale responsabilité de cette personne sera le développement d’algorithmes pour extraire la géométrie de croisement de fibres de matière blanche. La géométrie sera utilisée pour les nouveaux algorithmes de tractographie. Il / Elle optimisera le pipeline d’analyse multimodale, y compris l’enregistrement multimodal. Localisé à l’UQÀM (J. Lefebvre) ou à U. Sherbrooke (M. Descoteaux) selon la préférence de l’étudiant.e.

1 étudiant.e spécialisé.e en IRM de diffusion, traitement d’image et informatique. Cette personne travaillera sur l’analyse des données d’IRMd et sur le développement de nouveaux algorithmes de suivi de fibre. Cet étudiant collaborera également avec PhD2 sur l’analyse des données de microscopie. Localisé à l’université de Sherbrooke (M. Descoteaux) ou à UQÀM (J. Lefebvre) selon la préférence de l’étudiant.e.

Une bourse pour la durée du projet est offerte. Les postes sont ouverts dès l’automne 2020. Ce projet est financé en partie par le RBIQ et par le FRQNT.

SVP envoyer votre candidature à une de ces adresses :

Inclure: CV et relevé de notes


Fichiers