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Appel à candidatures pour le projet X-Tract

(English version below)

Projet: X-TRACT – Imagerie multimodale de la géométrie des croisements de fibres de matière blanche dans le cerveau: vers la prochaine génération d’algorithmes de tractographie.

L’IRM de diffusion (IRMd) est un puissant outil de neuroimagerie non invasive pour étudier l’architecture des fibres de la matière blanche (WM). Combinée avec des algorithmes de tractographie, une carte de connectivité structurelle du cerveau peut être obtenue. L’objectif global de ce projet est de combiner les images cérébrales prises avec l’IRMd à des mesures histologiques en série du même tissu pour étudier la géométrie de croisement des fibres WM et son impact sur les algorithmes de suivi des fibres. Nous avons déjà construit un tel système de microscopie automatisé, permettant l’acquisition de cerveaux de rongeurs entiers à une résolution micrométrique en moins d’une journée. En utilisant les données combinées d’IRM et d’optique, nous développerons de nouveaux algorithmes de suivi de fibre plus fiables dans les zones de croisement de fibre. Le résultat attendu est une cartographie sans précédent à travers le cerveau entre le signal dMRI et la micro / mésostructure de myéline sous-jacente dans le cerveau humain obtenue à partir de l’OCT.

Nous sommes à la recherche de 3 étudiant.e.s au doctorat dans le cadre de ce projet.

1 étudiant.e avec expertise en imagerie de microscopie optique et analyse. L’étudiant.e ajoutera un module sensible à la polarisation à un microscope OCT sériel existant. Il / Elle contribuera au développement de la reconstruction et de l’analyse des données microscopiques. L’étudiant.e sera également responsable d’effectuer la préparation et l’acquisition des tissus par histologie sérielle. Localisé à Polytechnique Montréal (F. Lesage) ou à UQÀM (J. Lefebvre) selon la préférence de l’étudiant.e.

1 étudiant.e expert en traitement d’image, vision par ordinateur et apprentissage automatique. La principale responsabilité de cette personne sera le développement d’algorithmes pour extraire la géométrie de croisement de fibres de matière blanche. La géométrie sera utilisée pour les nouveaux algorithmes de tractographie. Il / Elle optimisera le pipeline d’analyse multimodale, y compris l’enregistrement multimodal. Localisé à l’UQÀM (J. Lefebvre) ou à U. Sherbrooke (M. Descoteaux) selon la préférence de l’étudiant.e.

1 étudiant.e spécialisé.e en IRM de diffusion, traitement d’image et informatique. Cette personne travaillera sur l’analyse des données d’IRMd et sur le développement de nouveaux algorithmes de suivi de fibre. Cet étudiant collaborera également avec PhD2 sur l’analyse des données de microscopie. Localisé à l’université de Sherbrooke (M. Descoteaux) ou à UQÀM (J. Lefebvre) selon la préférence de l’étudiant.e.

Une bourse pour la durée du projet est offerte. Les postes sont ouverts dès l’automne 2020. Ce projet est financé en partie par le RBIQ et par le FRQNT.

SVP envoyer votre candidature à une de ces adresses :

Inclure: CV et relevé de notes


(Version française plus haut)

Project: X-TRACT – Multimodal imaging of the geometry of white matter fiber crossings in the brain: Toward the next generation of tractography algorithms.

Diffusion MRI (dMRI) has provided a powerful noninvasive neuroimaging tool to investigate white matter (WM) fiber architecture. Combined with tractography algorithms, a structural connectivity map of the brain can be obtained. The overall objective of this project is to combine the brain images taken with dMRI to serial histology measurements of the same tissue to study WM fiber crossing geometry and its impact on fiber tracking algorithms. We have previously built such an automated microscopy system, enabling the acquisition of whole rodent brains at a micrometric resolution in less than a day. Using the combined dMRI and optics data, we will develop novel fiber tracking algorithms that are more reliable in fiber crossing areas. The expected outcome is an unprecedented mapping across the brain between the dMRI signal and the underlying myelin micro /mesostructure in the human brain obtained from OCT.

We are seeking 3 PhD students to work on this project.

  • 1 PhD student with expertise in optical microscopy imaging and image analysis. The student will add a polarization sensitive module to an existing serial OCT setup. He/She will contribute to the development of microscopy data reconstruction and analysis. This student will also be in charge of performing the serial histology tissue preparation and acquisition. Localized at Polytechnique Montréal (F. Lesage) or at UQÀM (J. Lefebvre) according to student’s preference.
  • 1 PhD student with expertise in image processing, computer vision and machine learning. The main responsibility of this student will be the development of algorithms to extract WM fiber crossing geometry. The geometry will be used for the novel tractography algorithms. He/She will optimize the multimodal analysis pipeline, including multimodal registration. This student will also collaborate with PhD3 on the tractography method developments. Localized at UQÀM (J. Lefebvre) or at U. Sherbrooke (M. Descoteaux) according to student’s preference.
  • 1 PhD student with expertise in diffusion MRI, image processing and computer sciences. This student will work on dMRI data analysis and on the development of novel fiber tracking algorithms. This student will also collaborate with PhD2 on the microscopy data analysis. Localized at U. Sherbrooke (M. Descoteaux) or at UQÀM (J. Lefebvre) according to student’s preference.

A full stipend for the duration of the project will be provided. Positions are open in the autumn 2020. This project is funded by QBIN and by FRQNT.

Please contact any of:

Include: CV and copy of grades

Fichiers

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